Na ochranu zachovaného historického středověkého jádra byla ve vnitřním městě Jindřichova Hradce vyhlášena městská památková rezervace. Nejvýznamnější památkou města je, po Praze a Českém Krumlově 3. největší zámecký komplex v ČR, renesanční zámek, zahrnující gotický palác a výstavný Rondel.
V historickém jádře s lichoběžníkovým náměstím, kterému vévodí sloup Nejsvětější Trojice, se nachází středověká městská zástavba původně gotických a renesančních budov, vlivem požáru upravených do převážně empírového slohu. Nejvýznamnějším je dům pánů z Hradce. Byl renesančně upraven ze dvou gotických domů v 16. století. Jeho podloubí je sklenuto sklípkovou klenbou a na průčelí domu je sgrafitová výzdoba se výjevy ze Starého zákona.
Výraznou stavební dominantou historického jádra je bývalý minoritský klášter s raně gotickým klášterním kostelem svatého Jana Křtitele, založeným již kolem roku 1260. Na severovýchod od náměstí se vypíná gotický kostel Nanebevzetí Panny Marie z doby kolem roku 1370, poblíž stojí bývalá jezuitská kolej a barokní kostel svaté Máří Magdalény z let 1628 - 1632.