Původní kaplička byla podle pověsti na tomto místě postavena již ve 13. století. Zdivo této původní kapličky je prý dosud zčásti obsaženo ve zdivu dnešní baziliky. Zasvěcena byla zřejmě od počátku Nanebevzetí Panny Marie, kterou zosobňovala známá soška Panny Marie Svatohorské, gotická dřevořezba domácího původu.
V roce 1647 byli správou Svaté Hory pověřeni jezuité. Jezuité ze Svaté Hory pomáhali v duchovní správě v širokém okolí, ale nejvíce se věnovali poutníkům. Ještě v 17. století se svatohorský areál stal jedním z nejrozsáhlejších a nejvýznamnějších raně barokních objektů u nás.
V roce 1732 se zde za účastí obrovského množství poutníků, šlechty a duchovenstva konala korunovace milostné sošky Panny Marie Svatohorské. Slavnost přispěla k dalšímu rozšíření slávy a věhlasu Svaté hory. Výročí korunovace se od té doby slaví každým rokem až do současnosti vždy třetí neděli po svatodušních svátcích.
V roce 1978 vypukl na Svaté Hoře veliký požár, který zcela zničil střechu kláštera, proboštství a severní části ambitů včetně věže s hodinami. Poškozeny byly i věže nad kaplí a nástropní malby této části ambitů. Kromě těchto maleb bylo vše obnoveno do roku 1982 - k 250. výročí korunovace milostné sošky Panny Marie.