Premonstrátský klášter byl založen spolu s klášterním kostelem Narození Panny Marie v první polovině 12. století. Původní mužský řád benediktinů byl brzy nahrazen premonstráty. Z jejich řad vyšel i známý husitský kazatel Jan Želivský.
V době husitských válek byl klášter dvakrát husity dobyt a vypleněn. Brzy byl opraven a klášterní kostel byl znovu posvěcen v roce 1462. V roce 1467 získal klášter lipnický pán Burian Trčka z Lípy. Premonstráti byli vyhnáni a útočiště nalezli v Jihlavě. Řeholní život v Želivě byl obnoven v roce 1622. Nejdříve byl obnoven kostel a potom byla postavena budova konventu. Prvním opatem po obnově byl zvolen Siard Falco. Jeho zásluhou se klášter opět stal duchovním, hospodářským i kulturním centrem, bylo založeno klášterní filozoficko-teologické studium.V roce 1712 byl klášter poškozen požárem, obnoven byl ve slohu barokní gotiky Janem Blažejem Santinim.
V době josefinských reforem se klášter zachránil před zrušením. Premonstráti převzali gymnázium v Německém (Havlíčkově) Brodě a po desetiletí jej spravovali. Začátkem dvacátého století klášter znovu vyhořel. Budova opatství byla obnovena v pseudobarokním slohu a vyzdobena ve slohu secesním. V roce 1950 byl klášter zrušen. V klášteře byl zřízen internační tábor pro kněze a řeholníky. Od roku 1957 až do roku 1992 byla v klášteře psychiatrická léčebna. Řeholní komunita se mohla do části kláštera vrátit v květnu roku 1991.